دانشگاه علوم پزشکی اصفهان در حال حاضر 18 عنوان مجله علمی-پژوهشی در حوزه‌های مختلف پزشکی و پیراپزشکی منتشر می‌کند. از این تعداد، 11 مجله، انگلیسی زبان، و 7 مجله، فارسی هستند. 9 مجله انگلیسی دارای ضریب تأثیر (IF) پایگاه استنادی Clarivate هستند؛ 12 مجله (شامل 10 مجله انگلیسی و 2 مجله فارسی) در پایگاه استنادی SCOPUS نمایه می ­شوند. 10 مجله انگلیسی زبان در PubMed نمایه می­ شوند. 14 مجله در ISC هستند، و تمامی مجلات در پایگاه Doaj می­ باشند. هدف اصلی اداره توسعه و هماهنگی مجلات دانشگاه، مدیریت، توسعه، و ارتقای مجلات دانشگاه است، تا این مجلات بتوانند در نشر اطلاعات علمی‌ جدید که توسط محققین خارجی و داخلی به دست آمده است، اثرگذار باشند. به همین دلیل از جمله برنامه‌های این دفتر نمایه کردن مجلات فارسی زبان دانشگاه در Scopus و نیز ارتقای مجلات انگلیسی جهت افزایش ضریب تاثیر (Impact factor) و سنجش استناد (CiteScore)، می‌باشند. به علاوه این اداره، به برنامه ریزی و برگزاری کارگاه‌های مرتبط با افزایش مهارت سردبیران، کارشناسان مجلات، داوران، و نویسندگان می پردازد، تا به این ترتیب بتواند بر نشر و ارتقای علم در سطح کشور و جهان یاری رساند.