دانشگاه علوم پزشکی اصفهان به عنوان یک دانشگاه مادر و دارای سابقه‌ی طولانی کاری و نیز به عنوان دانشگاهی که در 3 دهه گذشته پژوهش‌های زیادی در سطح دانشگاهی، شهری، کشوری، منطقه‌ای و حتی بین‌المللی و چندمرکزی داشته است، دارای جایگاه ویژه پژوهشی می‌باشد. به همین دلیل اولین بار بیش از 20 سال پیش در کنار انجام امور پژوهشی، این دانشگاه به فکر نشر پژوهش‌ها و مطالعات در داخل کشور، افتاد و به این ترتیب اولین مجله‌ی فارسی این دانشگاه مجوز نشر گرفت و راه‌اندازی شد. این مجله در حال حاضر به عنوان یکی از معدود مجلات فارسی با نمایه‌ی بین‌المللی Scopus در سطح کشور فعالیت می‌کند و توان این را دارد که یه یک مجله‌ی فارسی زبان منطقه‌ای برای کشورهای فارسی زبان بدل شود.  پس از آن به تدریج بر تعداد مجلات دانشگاه به ویژه مجلات انگلیسی افزوده شد، به طوری که در حال حاضر 11 مجله به زبان انگلیسی و 7 مجله به زبان فارسی توسط این دانشگاه منتشر می‌شود. از 11 مجله‌ی انگلیسی زبان دانشگاه 9 مجله دارای نمایه‌های Pubmed، Scopus و نیز Web of Science هستند و یک مجله دارای نمایه‌ی Scopus است. به علاوه برخی از این مجلات در دسته مجلات Q1 قرار دارند. همه‌ی مجلات این دانشگاه دارای دسترسی آزاد یا Open access می‌باشند و به این ترتیب نویسندگان می‌توانند افزایش رویت‌پذیری و به تبع آن ارجاع بیشتر به مقالات خود را از مزایای نشر مقاله در این مجلات در نظر داشته باشند.

هدف اصلی دفتر امور مجلات دانشگاه میدیرت، توسعه و ارتقای مجلات دانشگاه است، تا این مجلات بتوانند در نشر اطلاعات علمی‌ جدید که توسط محققین خارجی و داخلی به دست آمده است، اثرگذار باشند. به همین دلیل از جمله برنامه‌های این دفتر نمایه کردن مجلات فارسی زبان دانشگاه در Scopus و نیز ارتقای مجلات انگلیسی جهت افزایش ضریب تاثیر (Impact factor) و سنجش استناد (CiteScore)، می‌باشند. به علاوه این دفتر طراحی کارگاه‌های مرتبط با افزایش مهارت سردبیران، داوران و نویسندگان طراحی کرده است تا به این ترتیب بتواند بر نشر و ارتقای علم در سطح کشور و جهان یاری رساند.